O počátcích kláštera rajhradského, nejstaršího a jediného benediktinského řádu na Moravě, se soudobé prameny nezachovaly. Ze dvou pozdějších listin (tzv. břevnovská falsa) pouze víme, že roku 1045 dne 18. října měl český vévoda Břetislav věnovat klášteru břevnovskému mezi jinými jakousi cellu, kterou kolem roku 1028 založil ke cti sv. apoštolů Petra a Pavla na opuštěném hradě, "jenž slove Rajhrad". O tři léta později byla tato cella přeměněna na skutečný klášter, který podle vůle zakladatelovy měl být jak v hmotném, tak v duchovním ohledu závislý na klášteře břevnovském. Tato závislost trvala až do roku 1813, kdy proboštství rajhradské bylo povýšeno na samostatné opatství. Nutno podotknout, že založení celly (snad poustevna, možná i kostelík) navazovalo na již dřívější existenci velkomoravského kostelíku, který podle tradice (ne stále ještě plně doložené) navštívili při své misi Konstantin a Metoděj. Z této celly byl zřízen 26. listopadu 1048 (viz tzv. zakládací listina Břetislavova, druhé falsum ze 13. století) podle stávajícího řádu církevního i zeměpanského skutečný klášter řehole sv. Benedikta. Kníže Břetislav předává existující slovanský klášteřík latinským mnichům snad na přímluvu poustevníka Günthera (Vintíře), původem Němce z Duryňska, který byl čilým diplomatem a dovedl obratně zasáhnout ve prospěch německé politiky. Bylo to totiž v době vzmáhajícího se vlivu latinského obřadu u nás nad obřadem slovanským a ani Břetislav se nemohl z tohoto vlivu vymanit, i když sám byl slovanskému obřadu nakloněn. Břetislavovo rozhodnutí se dá vysvětlit důvody politickými; založením kláštera chtěl usmířit papeže Benedikta IX., který ho pohnal k soudu pro porušení posvátných míst v Polsku.

Podle výslovné vůle Břetislavovy měl být nový klášter v úplné závislosti hmotné i duchovní na mateřinci břevnovském. Pro nedostatek listinných zpráv nelze bezpečně stanovit počet a posloupnost rajhradských proboštů ve starší době. Z těchto důvodů nelze zjistit ani počty řeholníků v nejstarších dobách. Těžko se zjišťuje jméno prvního představeného rajhradského kláštera. Podle začátečního písmene "M", které je uvedeno na "svědectví" z r. 1062, poslaném biskupu pražskému, že brněnský chrám na Petrově posvěcen byl r. 884 od sv. Metoděje, soudí někteří badatelé, že první představený rajhradského kláštera se jmenoval Matheus - Matouš. Roku 1740 tvrdil moravský stavovský menší písař rytíř Hoffer, že první rajhradský probošt se nazýval Maurus. Tento názor je pravdě bližší, protože jméno Maurus bývá v klášterech sv. Benedikta velmi časté. I přes závislost na mateřinci břevnovském bylo postavení představených rajhradského kláštera na určité úrovni a požívalo jisté vážnosti. Představení kláštera byli často bráni za svědky nebo za rozhodčí při různých záležitostech.

Růstu kláštera napomáhalo udělování různých privilegií a výsad ze strany zeměpanské. Markrabí Přemysl udělil r. 1234 Rajhradu svobody, jaké měl na Moravě klášter velehradský, Jan Lucemburský propůjčil r. 1327 klášteru hrdelní právo, které při něm zůstalo plných 400 let. Karel IV. potvrdil všechna privilegia udělená Břetislavem.

Během svého trvání byl klášter ničen různými vpády. Velmi těžce trpěl r. 1241 (tatarské vpády) a r. 1253 (uhersko-kumánské vpády na jižní Moravu). V tomto bouřlivém 13. století jenom kostel, vždy těžce upravovaný, musel být třikrát znovu vysvěcen.

Až do konce 17. století měl rajhradský klášter v podstatě románskou tvář. Špatný stav klášterních budov v této době způsobil, že se rajhradští mniši rozhodovali přemístit klášter na návrší u Rebešovic cb_klaster_1689.jpg (28300 bytes)nebo na návrší před dnešním rajhradským nádražím. Tehdejší probošt Placid Novotný se nakonec rozhodl pro přestavbu klášterního areálu stojícího na původním místě. Vystavěl dvě věže a chystal se bourat starý kostel. Proboštova smrt však tyto záměry přerušila. To se psal rok 1690. Ale teprve r. 1721 začalo se s bouráním a s přestavbou kláštera do dnešní podoby. Probošt Pirmus začal po zbourání klášterního chrámu budovat areál podle návrhu pražského architekta Giovanni Santiniho-Aichla. Santiniho projekt byl realizován brněnským stavitelem Františkem Klíčníkem v hrubé stavbě za čtyři roky. Na vnitřní výzdobě se pracovalo další čtyři roky. Fresky v chrámové lodi a objektech kláštera maloval brněnský malíř Jan Jiří Etgens. V presbytáři, který byl přestavěn po zemětřesení v r. 1763, byla namalována nová freska Josefem Winterhalterem v r. 1770. Sochy jsou dílem Ignáce Lengelachera (bavorský mistr pracující v Mikulově), Ondřeje Schweigela, Josefa Břenka, Benedikta Edeleho a rajhradského řezbáře Ignáce Bergmana. Obrazy v chrámu postupně malovali Jan Jiří Etgens, Josef Führich, František Preis, Matěj Šťastný, J. L. Šichan.

Stavba chrámu byla hotova r. 1730 a o devět let později vysvěcena. Věže z roku 1691 byly ponechány, ale v roce 1728 musely být zajištěny opěrnými pilíři. projektSoučasně s chrámem byla stavěna po částech klášterní budova. Zhruba byla hotova za 50 let, úplně však až roku 1840, tedy přibližně za 120 let. Škoda jen, že při zpevňování základů nového kostela dřevěnou pilotáží bylo bezohledně obětováno vše z dřívější románské baziliky, která tak dlouho, třebaže po četných změnách, byla svědkem umění dřívějších generací. Dnešní klášterní areál nebyl však postaven přesně podle plánu. Chybí především trakt uzavírající na severní straně vnitřní nádvoří před vchodem do kostela. Vybudování rajhradského kláštera přispělo monumentální církevní stavbou k lesku protireformace v 18. století v našich zemích.

Od roku 1540 zasedali rajhradští probošti v moravském zemském sněmu. Dne 1. října 1687 nabyli rajhradští probošti od papeže Inocence IX. právo pontifikálií, tj. právo nosit mitru, kříž, prsten a berlu. Rajhradští benediktini se rovněž zasloužili o budování nemocnic, chudobinců, sirotčinců a škol. Roku 1623 zakládá probošt Jiří Vojtěch Kotelík v Rajhradě školu. Nad školou měl rajhradský klášter do 19. ledna 1914 patronát. Po celou dobu patronátu se klášter o školu staral, a jak praví Dr. Dudík ve svých Dějinách Moravy, škola získala věhlas, "který daleko přesahoval hranice Moravy". V prosinci 1903 povolil zemský sněm moravský na návrh zástupce zemského hejtmana, rajhradského opata Benedikta Korčiana, zřízení tří zemských sirotčinců na Moravě - německého v Moravském Krumlově a dvou českých v Rajhradě a ve Vsetíně. Rajhradský sirotčinec byl postaven v roce 1904. Benediktini ve prospěch sirotčince poskytli pozemek.

Zásluhou břevnovského opata Havla a rajhradského probošta Jindřicha jsou v Rajhradě roku 1465 zakládány vinice. Symbol vinařství v Rajhradě se roku 1554 dostává i do rajhradského znaku a pečeti. Břevnovská opatská ostrev (kus osekaného kmene stromu se třemi suky) je zkřížena s klíčem, který je symbolem horenského práva: zavírání a otevírání hory (vinice). S rozvojem klášterního viničního hospodářství souvisí postupné zvětšování vinic a budování vinného sklepa s "presshausem a lusthausem" (lisovnou) v barokním slohu. Tato stavba kopírovala Santiniho pavilony na klášterní prelatuře (1774). Stavba během času velmi zchátrala, v roce 1934 byla snesena její střední část a v roce 1960 byla nahrazena nynějším novým areálem.

V polovině 14. století se v klášteře začíná vařit pivo, což bylo v této době hlavně výsadou měst. Po určitou dobu vařily pivo v Rajhradě pivovary dva: klášterní a pivovar městečka. Díky tomu se začínalo v Rajhradě rozvíjet i chmelařství. Koncem 16. století se vařilo pivo pouze v klášteře. 14. století můžeme chápat jako století hospodářského rozvoje kláštera a celého klášterního panství.