Husovo učení a především jeho upálení v Kostnici roku 1415 odstartovalo v Čechách období, které český historik František Šmahel nazval výstižně Dobou vymknutou z kloubů. Byla to doba válečných tažení, bitev a rabování, které se z vlastních Čech přesouvalo i na okolní území, tedy i na Moravu.

Rajhradský klášter byl husitskými vojsky pouze obléhán, nikdy však dobyt. Většina českých klášterů (nejen benediktinských) byla husity vyrabována (část z nich nebyla po husitství již ani obnovena) a mniši se utíkali do moravských řádových domů, které skýtaly bezpečí. S sebou si brali to nejcennější, co bylo na cesty možné vzít, kromě jiného také knihy. Jedním z takových útočišť byl i klášter v Rajhradě. Do jeho knihovny tak v této době doputovaly knihy z několika českých klášterů.  Jednalo se ale především o protihusitské traktáty, či o spisy zastánců husitství, které chtěli bratři komentovat a s nimiž plánovali polemizovat. Zachovány zde zůstaly i rukopisy přinášející tyto polemiky a komentáře.